Mae peptidau sy'n gysylltiedig â Melanotan-II yn bennaf yn cynnwys analogau eraill o hormon ysgogol melanocyte. Er enghraifft, mae Melanotan-I yn rhannu dilyniant asid amino tebyg â Melanotan-II ond mae'n wahanol yn adeileddol; mae'n dangos gweithgaredd cymharol is a sefydlogrwydd gwaeth in vivo. Mae astudiaethau cymharol ar adeiledd a gweithgaredd Melanotan-I a Melanotan-IIII yn helpu i egluro'r ffactorau allweddol sy'n dylanwadu ar weithgaredd a sefydlogrwydd y dosbarth hwn o beptidau, gan ddarparu sail ddamcaniaethol ar gyfer optimeiddio a datblygu analogau hormonau ysgogol newydd melanocyte ymhellach.

Yn ogystal, mae analogau peptid yn deillio o addasiadau i'r strwythur Melanotan-II; nod gwyddonwyr yw gwella gweithgaredd, gwella sefydlogrwydd, neu gynyddu penodoldeb targedu trwy newid dilyniannau asid amino, addasu grwpiau swyddogaethol, neu gyfuno moleciwlau swyddogaethol eraill. Mae enghreifftiau yn cynnwys ymgorffori cell-dilyniannau peptid treiddio i mewn i Melanotan-II i hwyluso mynediad a gweithrediad cellog mwy effeithiol, neu addasu asidau amino penodol yn gemegol i ymestyn hanner-bywyd in vivo y peptid. Mae ymchwil i'r peptidau cysylltiedig hyn yn arwyddocaol ar gyfer ehangu cwmpas cymwysiadau Melanotan-II a datblygu asiantau therapiwtig mwy effeithiol.